В статье анализируются некоторые концептуальные модели современной науки, которые граничат с метафизикой, т. е. требуют при работе с ними оценки их онтологического и когнитивного статуса. Рассматриваются понятия «темной» или «черной» материи в св язи с так называемой проблемой «дефекта масс» и отрицательных величин в математике. Ставятся вопросы о характере и когнитивном значении понимания материи в рамках концептуальных научных моделей, что позволяет выявить когнитивные основания использования данных концептов и их связь с метафизикой.